Hay là các bác admin tạo thêm 1 chủ đề về bioinformatics bên cạnh các chủ đề về maths, CS, biology... đi nhỉ? Trước em có tạo 1 topic trong CS về bioinformatics, giờ mấy bạn khác lại tạo topic trong biology, chả theo dõi dc, mà cái này là liên ngành nên tốt nhất là tạo chủ đề riêng vậy, rồi chuyển tất cả các trao đổi về bioinformatics vào đó. Cũng thấy 1 số người quan tâm, hy vọng là trao đổi dc chút gì đó.
thay đổi nội dung bởi: Pisces, 01-28-2010 lúc 04:16 AM
Em tính apply ngành này bên EU thay vì Mĩ chưa có GRE, em mới có IELTS thôi.
A position for a PhD student in bioinformatics is available in the
Department of Microbiology at the German Collection of Microorganisms and Cell Cultures (DSMZ) in Braunschweig, Germany. The project is entitled ‘Phylogenomics And Functional Genomics
of The Roseobacter Clade’ and part of the recently established Transregional Collaborative Research Centre — Special Research Field ‘Roseobacter’ funded by the German Research Foundation (DFG).
The Roseobacter clade is one of the most abundant and successful groups of non-obligately phototrophic prokaryotes in the marine environment. The major goal of the Special Research Field is the understanding of evolutionary, genetic and physiological principles which constitute the secret of success for these bacteria. Consequently, marine microbial ecologists, bacterial physiologists, biochemists, natural product chemists, geneticists and computer scientists from Braunschweig and Oldenburg join forces to investigate the Roseobacter clade from the ecosystem level down to systems biology of model organisms with respect to important metabolic processes.
The candidate’s tasks include the implementation of a software pipeline for the phylogenomic analysis of completely sequenced genomes and its application to members of the Roseobacter clade. Particular emphasis will be laid on devising and assessing programs for species delimitation and phylogenetic reconstruction directly based on whole genomes.
This PhD project is also tightly integrated with the DSMZ’s current research related to the Genomic Encyclopedia of Archaea and Bacteria (GEBA); see [Only registered and activated users can see links. ].
The successful candidate will hold a master or diploma degree in informatics or bioinformatics and will be experienced with programming in compiled languages such as Java or C++ and scripting languages such as Ruby or Python. Preferred students will also have experience in at least some of the following fields: database programming, web programming (e.g., Ruby on Rails, PHP), linux administration, phylogenetic inference and genomics.
The DSMZ — Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (German Collection of Microorganisms and Cell Cultures; [Only registered and activated users can see links. ]) is the most comprehensive Biological Resource Centre in Europe. With more than 18.000 microorganisms, 1.200 plant viruses, 600 human and animal cell lines, 770 plant cell cultures and more than 7.100 cultures deposited for the purposes of patenting, we have demonstrated our obligation to serve science for decades. The DSMZ is an independent, non-profit organisation.
For further details regarding the position please contact Dr. Hans-Peter Klenk (e-mail: hans-peter.klenk-at-dsmz.de; phone: +49-(0)531-2616-227) or Dr. Markus Goeker (e-mail: markus.goeker-at-dsmz.de; phone: +49-(0)531-2616-272).
Applications should be addressed until 15/03/2010 to:
The PhD programme funded by the German Research Foundation is administered by the Technical University Munich and Ludwig-Maximilians-University Munich in close cooperation with Moscow State University.
The main scientific goal is to combine computational and experimental approaches to achieve a qualitatively new level of understanding of cellular regulatory systems and their evolution, with a spezial emphasis on signaling networks. Specific areas of investigation include comparative genomics of metabolic and regulatory systems, network-based interpretation of transcriptome and proteome data, and posttranscriptional regulation mechanisms.
Students in the 3-year program will receive a monthly stipend of €1,365 plus family and child care allowances, if applicable. Special career development awards are available for outstanding female applicants.
We seek outstanding, highly-motivated candidates of any nationality with a strong background in biology, computer science, or bioinformatics. Excellent communication skills and fluency in English are required. TUM and LMU are equal opportunity employers and strive to increase the percentage of female employees.
For application please use the online application system!!
Please follow the link [Only registered and activated users can see links. ]
Tentative Application Deadline : 31 March 2010
I thank allroadsleadtoRome for this original paper:
Tiếp cận bioinformatics từ hướng CS thì hơi khác với từ hướng biology. Ko nhất thiết phải hiểu sâu về biology mới làm dc bioinformatics (tất nhiên càng biết nhiều về biology thì càng có lợi hơn). Có những vấn đề trong đó chỉ cần hiểu các kiến thức cơ bản về biology là dc (genomics, cell and molecular biology...). Background về CS hoàn toàn có thể chuyển sang dc. Dĩ nhiên là phải học thêm vài courses về biology. Nhìn qua các courses đó có vẻ ko khó, nhưng học thì thấy cũng ko dễ lắm. Bên cạnh kiến thức thì tiếng Anh cũng là 1 vấn đề.
Phải biết về Stats nữa, ở mức kiến thức cơ bản cũng dc, nhưng nếu có kiến thức sâu về Stats thì càng tốt, sẽ có nhiều thứ hay ho để làm. Ngoài ra cần kiến thức về maths (càng giỏi càng tốt), algorithms (và một số kiến thức liên quan), và dĩ nhiên, programming (and programming languages).
Hiện tại rất nhiều trường có chương trình bioinformatics, hoặc là 1 phần của CS, hoặc là tách ra độc lập. Bạn có thể tìm trên mạng.
Chuyện ngoài lề: quỹ nghiên cứu cho bioinformatics thường là từ NIH, nên nhiều kinh khủng. Ví dụ trong 1 năm NSF cấp khoảng 5-6 tỉ đô cho toàn bộ các ngành nghiên cứu, trong khi NIH cấp đến 28-30 tỉ đô chỉ cho các nghiên cứu liên quan.
Giá trị hay mức độ "hot" của một lĩnh vực khoa học nào đó đươc phản ánh qua số lượng và chất lượng các công trình khoa học liên quan đến lĩnh vực đó, bạn thử xem trên nature, hay science số lượng paper thuộc sector nào là nhiều nhất, tôi là người làm về molecular biology/biomedicine, thấy rằng CS and bioinformatician thường chỉ làm ở nhưng post kiểu như TA hoặc research associate, chứ rất ít người trở thành PI, các công trình do bioinformatician công bố trên Nature hoặc Science cũng quá it so với các molecular biologist hay biochemist, bản nháp bộ gene người công bố năm 2001 có sự đóng góp dáng kể của bioinformatician nhưng tác giả chính của công trình này GS Eric Lander (Whitehead Ins & Harvard U) lại là một Professor of Biology (genetician)
Giá trị hay mức độ "hot" của một lĩnh vực khoa học nào đó đươc phản ánh qua số lượng và chất lượng các công trình khoa học liên quan đến lĩnh vực đó, bạn thử xem trên nature, hay science số lượng paper thuộc sector nào là nhiều nhất, tôi là người làm về molecular biology/biomedicine, thấy rằng CS and bioinformatician thường chỉ làm ở nhưng post kiểu như TA hoặc research associate, chứ rất ít người trở thành PI, các công trình do bioinformatician công bố trên Nature hoặc Science cũng quá it so với các molecular biologist hay biochemist, bản nháp bộ gene người công bố năm 2001 có sự đóng góp dáng kể của bioinformatician nhưng tác giả chính của công trình này GS Eric Lander (Whitehead Ins & Harvard U) lại là một Professor of Biology (genetician)
Bác observer, em thấy băn khoăn quá. Thứ nhất là ko hiểu post của bác có liên quan gì đến những cái em nói ở đoạn bác quote? Thứ 2 là em cũng ko hiểu bác định nói gì qua những gì bác viết. Bác định bảo các công trình của người làm lĩnh vực A, là liên ngành giữa (hoặc có liên quan đến) B và C (và có thể cả D, E... nữa) quá ít so với các các công trình của người làm trong lĩnh vực B (hoặc C) khi thống kê trên các tạp chí dành cho (hoặc chuyên về) lĩnh vực B (hoặc C) chăng? Và bác định bảo người làm trong lĩnh vực A cũng ít trở thành PI trong lĩnh vực B hoặc C?
thay đổi nội dung bởi: Pisces, 05-11-2010 lúc 12:55 AM
Bên cạnh kiến thức thì tiếng Anh cũng là 1 vấn đề.
